Sie ist die kleinste der vier evangelischen Kirchen auf Fehmarn und in ihrem Glockenturm schlägt die viertälteste Glocke in Schleswig-Holstein. Die St. Johannis Kirche befindet sich am nördlichsten Rand des Dorfes Bannesdorf, dort, wo auch der Mönchsweg, der etwa 1000 km lange Fernradweg nach Dänemark, entlangführt.